学科建设中国科学院沈阳应用生态研究所(前身中国科学院林业土壤研究所)成立于1954年 ，是以林业 、土壤 、植物 、微生物与环境科学为基础的综合性应用生态学研究机构 。现有国家杰出青年基金获得者2人 ，国家优秀青年基金获得者9人 。
研究所下设土壤养分管理国家工程实验室（共建） 、污染土壤生物-物化协同修复技术国家地方联合工程实验室 、中国科学院森林生态与管理重点实验室 、中国科学院污染生态与环境工程重点实验室 、中国科学院绿色肥料工程实验室 、辽宁省稳定同位素技术重点实验室 、辽宁省环境计算与可持续发展重点实验室 、辽宁省现代保护性耕作与生态农业重点实验室；拥有中国科学院长白山森林生态系统定位研究站（国家野外观测站 、CERN重点站） ，中国科学院沈阳生态实验站（国家野外观测站 、CERN重点站） ，中国科学院会同森林生态实验站（国家野外观测站 、CERN重点站） ，中国科学院清原森林生态实验站（国家野外观测站 、CERN重点站） ，乌兰敖都荒漠化实验站（国家林业局荒漠化监测中心之一） ，大青沟生态研究站 ，额尔古纳森林草原过渡带生态系统研究站 ，沈阳树木园和东北生物标本馆 。研究所编辑出版《应用生态学报》和《生态学杂志》两个国家级核心期刊及《Ecological Processes》国际期刊（SCI收录） 。
研究所为1981年国务院学位委员会首批批准的博士学位点 。现有生态学 、土壤学 、微生物学 、环境科学等4个博士学位点；生态学 、土壤学 、微生物学 、环境科学 、植物学 、森林培育学等6个学术型硕士学位点及资源与环境 、生物与医药两个专业型硕士学位点 。另设有生态学和农业资源与环境两个一级学科博士后流动站 。
